Az önegyüttérzés testünkre gyakorolt hatásának megértéséhez szükségünk van arra, hogy ismerjük az érzelemszabályozásunk idegrendszeri alapjait. Az együttérzés fókuszú terápia modelljében három érzelemszabályozó rendszert különtítenek el: a fenyegetés/védekező rendszer (angolul threat/defence system), a ösztönző és forráskereső rendszer (angolul incentive and resource-seeking, drive-excitement system), megnyugtató, elégedettség és biztonság, kapcsolat rendszer (angolul soothing, contentment, safeness and connection system). Az egyszerűség kedvéért az együttérzésre fókuszáló terápia zsargonjában az védelmi rendszert pirosnak, a forráskereső rendszert kéknek, a megnyugtató rendszert zöldnek nevezik.

A „piros rendszer” szerepe, hogy gyorsan észrevegye a veszélyeket és azonnali választ adjon rájuk. Ez az alapértelmezett (default) rendszerünk, amely genetikailag programozott, és evolúciós előnyökkel járt. Amikor őseink közvetlen életveszéllyel szembesültek, ez a rendszer volt felelős - amennyiben aktiváló hatást fejtett ki - az ún. üss-vagy-fuss válaszért (angolul fight or flight response), illetve - amikor deaktivált, - lefagyást, megdermedést eredményezett. Az életet és a testi épséget közvetlenül fenyegető veszély esetén gyors válaszra és a szervezet minden energiájának azonnali mozgósítására van szükség. Ennek érdekében a figyelem és a gondolkodás beszűkül az egyetlen lehetséges válaszra, és a megmeneküléshez nem szükséges fiziológiai folyamatok lelassulnak vagy leállnak. A piros rendszerért az amigdala és a hipotalamo-hipofízis-mellékvese kéreg tengely (HPA) felelős, és a hüllőknél már jelen levő ún. "hüllő-agy" (reptilian brain) működéséhez kötött. Az adrenalin fontos szerepet tölt be ebben a folyamatban. A piros rendszer által keltett legfontosabb érzelmek: a harag, a szorongás, a félelem, a szégyen és az undor.

A „kék rendszer” feladata, hogy kellemes érzelmeket idézzen elő, azzal a céllal, hogy motiváljon, bátorítson a túléléshez és fejlődéshez szükséges erőforrásaink megszerzésében. Az agy dopaminerg rendszerét foglalja magába. Az általa keltett érzelmek az izgatottság, elevenség. Ő felelős az önértékelésért.

A kék és a piros rendszer működése szorosan összefügg.

Amikor a céljainkért küzdünk, a kék rendszer határozza meg az érzelmeinket. A küzdelem folyamatában elevenséggel tölt el, és sikerek esetén szerepet játszik az pozitív önértékeléssel járó kellemes érzelmek megjelenésében. Ha azonban olyan akadályokba ütközünk, amelyek gátolnak céljaink elérésében, ezt fenyegetettségnek észleljük, és a piros rendszer aktiválódik.

A két rendszer egymással szorosan összefüggő működésének egy másik példája olyankor jelentkezik, amikor a piros rendszer által szabályozott kellemetlen érzelmeket élünk meg: szomorúak vagyunk, szorongunk, elégedetlenek vagyunk önmagunkkal. Ilyenkor gyakran úgy próbálunk úrrá lenni e kellemetlen érzelmek felett, hogy valamilyen tevékenységbe vetjük bele magunkat. Elindulunk valamilyen cél megvalósítása felé, és ennek hatására a kék rendszer aktiválódik, és csökkenti a piros rendszer által keltett kellemetlen érzelmeket. A kék rendszernek fontos szerepe van az érzelemszabályozásban, és így a pszichológiai jóllétben is, de hosszú távon káros következményei lehetnek, ha a kellemetlen érzelmeink csökkentését csak tőle várjuk. A kék rendszer veszélyt hordoz magában: ha a kellemetlen érzelmek egyedüli szabályzójaként használjuk, pótcselekvések és függőségek kialakulásához vezethet.

A „zöld rendszer” működése az oxitocinnal van összefüggésben. Az általa kiváltott elégedettség a boldogság egyik formája, akkor jelenik meg, amikor biztonságban érezzük magunkat, és semmiért sem kell küzdenünk. Különbözik az alacsony fenyegetettségi szinttel jellemezhető állapottól, amelyet unalomként vagy egyfajta ürességként élünk meg. Az együttérzés vonatkozásában ez utóbbi rendszer tölt be fontos szerepet, ugyanis kapcsolatban áll a kedvességgel, szeretettel, társas kapcsolatokkal. A zöld rendszer által keltett érzelmek: elégedettség, békesség, gyöngédség, szívmelegség, szabadságérzet.

​

A három rendszer működésének megtapasztalásában segítségünkre lehet, ha egymás után elképzelünk három különböző helyzetet: egy konflikust valakivel, egy sikerélményt, és azt hogy otthon vagyunk egy biztonságos helyen a szeretteinkkel együtt, semmit sem kell elérnünk, csak pihenünk a jelenlétükben. Figyelhetünk arra, hogy milyen érzelmek jelennek meg bennünk, mit érzünk a testünkben, változik-e valami a szívritmusunkban, a légzésünkben, az izomtónusunkban.